富士学園は、１９６７年（昭和４２年）２月１日に開園しました。設立の趣旨は、成人に達した人たちあるいは成人に達しようとしている人たちのため社会自立を目指してのことでした。めぐみ園が創設され15年を経過した段階で、15歳、18歳と年を重ねた利用者の皆様の卒園後のケアの問題がクローズアップされるに至り、めぐみ園の中にわが国最初の福祉施設付属の養護学校を開設し、高等部を設けて職業訓練所も創設、社会自立と社会参加の実現を目指しました。

　しかし、就職を失敗するケースや卒園後に行く先の見つからないケースなどが増えてくるに従い、初代理事長夫妻と栗林恒俊前富士学園園長は、じっくりと青年後期教育訓練を実施して、社会に送り出す必要性から、ここ富士町の地に知的障害者更生施設富士学園を建設するに至ったのでした。その後富士学園では、アフターケア委員会を設け50名程の就労者への支援を続け今日に至っています。

　１９９６年（昭和６１年）には、園舎を新築し快適で安全な生活環境の整備と併せて地域交流スペースの整備、２００１年（平成１３年）には、温泉（熊の川温泉）の導入等、充分な生活、作業活動の出来る設備の充実に努めています。

　また、入所施設から地域生活への移行という障害者福祉の流れを受けて、２００２年（平成１４年）からグループホーム、ケアホーム、通所更生施設の開設を進め、２００４年（平成１６年）１０月には、入所定員を８０名へと変更しました。２０１１年（平成２３年）４月１日、障害者自立支援法に基づく指定障害者支援施設（施設入所支援・生活介護）として新たな歩みを開始しています。